Dataanalys och Visualisering av Kliniska Data i R Shiny till Karolinska Institutet

By 27 oktober, 2021 november 30th, 2021 Data/IT
Roll Data Scientist
 Kompetensområde Data/IT
 Startdatum 2021-11-03
 Slutdatum 2021-11-15
 Omfattning 100%
 Ort Flemingsberg
Land Sweden
 Sista svarsdatum 2021-11-02 (Offerter kommer att behandlas löpande)
 Kontaktperson Edwin Landgraff (cv@keyman.se | 076-765 40 46)
 Referens nr 3128306
Övergripande uppdragsbeskrivning

We are now looking for a consultant for “Dataanalys och Visualisering av Kliniska Data i R Shiny” to Karolinska Institutet.

A project database including an app that must run on Karolinska Institutet’s servers shall be designed using R (R Shiny). The app shall allow collecting and importing data from patients. The data will be saved in different raw tables on a KI server. Data include clinical data (ca. 300 datapoints, including date of birth, operation, complications; variable description in Swedish) as well as more than 1000 datapoints from pathological annotations in the form of WSIs that shall be extracted from Hamamatsu’s ndpi/ndpa format, and from Artificial Intelligence-based quantifications in table format. Experience with digital pathology and/or Artificial Intelligence is required.

These data shall then be analysed, such that all different parameters shall be probed vs each other in appropriate regression analyses that shall be defined based on the consultant’s expertise. Bioinformatics expertise in these kind of analyses is of highest importance, document by several years of experience and by scientific publications.

The data to be uploaded and analysed shall further include single-cell RNA sequencing data that are uploaded from a Smart-Seq 2-based experiment of mouse tissue. Documented expertise with sequencing data is a requirement. All data shall be made available for the research group, but not beyond (no open web application). Group members shall be able to access the data and probe expression of different genes, which shall be visualised in standard UMAPs, as well as test hypotheses on the clinical data (e.g. survival depending on a specific pathology variable and controlled for several other clinical or pathological variables). Single cell sequencing data shall be made available in the same way.

Timing is urgent; desired end date 2021-11-15 (15th of November).

Skallkrav

Programming experience in R/Shiny
Experience in biomedical data analyses
Experience in bioinformatics
Database structure and development knowledge
RNA sequencing expertise: Analysis and visualisation
Knowledge on data integrity legislation, GDPR and related
Swedish proficiency
Experience in handling pathological data, i.e. WSI annotations

Börkrav

Previous experience handling clinical data

Övriga krav

Beskriv kort i kommentarsfälten vid skall- och börkraven hur konsulten uppfyller dessa.
Bifoga CV i Wordformat under fliken Dokument. CV:t är en viktig del i utvärderingen av konsulten. Det ska tydligt visa att konsulten har den kompetens och erfarenhet som efterfrågas för det aktuella uppdraget.
Offert för detta uppdrag måste skickas in via KeySourcingTool. Svar via mail kommer att få begränsad feedback.

Personliga egenskaper

Immediate availability

Övrig information

Assignment start as soon as possible.

Resor/resetraktamente ersätts inte. Övertid ersätts endast efter överenskommelse mellan beställare och leverantör.

 


 

Att offerera på detta uppdrag

OFFERERA PÅ DETTA UPPDRAG VIA KEYSOURCINGTOOL (Prioriterad)

Mailofferter ska innehålla följande information

  1. Konsultens CV bifogat (helst i Wordformat)
  2. En kortfattad summering (ska beskriva konsultens kompetens jämfört med uppdragets krav och behov)
  3. Konsultens timarvode (SEK exkl moms)
  4. Konsultens tillgänglighet (Startdatum och omfattning)
  5. Bekräftelse på att ni accepterar, GDPR och “KeyMans allmänna villkor”

OFFERERA PÅ DETTA UPPDRAG VIA E-POST
OBS! Begränsad återkoppling erhålls för offerter som kommer via e-post.


 

Tillbaka till aktuella uppdrag